El Convento Franciscano de Chillán y su biblioteca se instalaron en la capital de la provincia del Ñuble, gracias a la fundación del Colegio de Misiones proveniente de Perú en 1756. Este colegio fue muy trascedente para el establecimiento de las relaciones fronterizas con el pueblo mapuche, ya que desde esta institución se fundaron numerosas misiones en territorio indígena, las que no se realizaban desde el gran alzamiento de Curalaba a fines del siglo XVI.
Producto de su condición realista, la ciudad de Chillán y sus principales instituciones sociales, como el Convento Franciscano sufrieron una cantidad importante de ataques desde inicios del siglo XIX. En 1813 la capital del Ñuble sufrió un asedio indígena que ocasionó la destrucción del Convento. Los años que siguieron a la reconquista fueron muy complejos para los religiosos franciscanos y su convento, ya que luego de la batalla de Chacabuco ocurrida en 1817 este espacio fue saqueado y la iglesia que estaba contigua fue incendiada por las tropas patriotas. Años más tarde, este había sido reconstruido, sin embargo bajo el gobierno de Ramón Freire el convento sufrió el secuestro de gran parte de sus bienes, incluyendo la biblioteca, además del éxodo masivo de religiosos hacia el sur del Bío Bío y el extranjero. Según los registros existentes, en 1831 bajo el gobierno de José Joaquín Prieto, se decretó la devolución de los bienes saqueados a esta orden, aunque en la mayoría de las fuentes se consignó que sólo se alcanzó a devolver una parte de lo que había sido saqueado.
De otro lado, los terremotos también afectaron al convento, sobre todo el ocurrido la mañana del 15 de febrero de 1835, ya que uno de gran magnitud destruyó por completo la ciudad de Chillán incluyendo el edificio franciscano que pocos años antes había sido reconstruido.
A partir de 1838, gracias a la documentación existente, se tiene registro de que se comenzó a realizar el traslado del convento desde Chillán Viejo a Chillán Nuevo, lugar donde se emplaza hasta el día de hoy.
Instalados en Chillán Nuevo, el convento y su biblioteca debieron resistir los avatares de nuevos cataclismos, sin embargo el terremoto del 2010 volvió a afectar gravemente su edificio, dañando de manera estructural su biblioteca y los documentos que ahí se encontraban. Tanto la sala de libros como las estanterías, ubicadas en el último piso de la Iglesia San Idelfonso, ya no estaban en condiciones de albergar valiosos libros y documentos que datan desde el siglo XVI como el VI de la Biblia Políglota, fechado en 1515.
A raíz de esta destrucción, la colección completa de libros y documentos, que ascienden a seis mil ejemplares, fueron traslados hasta el Centro de Documentación de la Universidad de Talca, espacio climatizado y especialmente acondicionado con un laboratorio de conservación y un escáner para su conservación, restauración y posterior digitalización.
Durante el año 2014 se inventariaron 3 mil 40 ejemplares de la colección, los que asciende al 50.6% del total de los libros y documentos rescatados posterior al 27F. En el 2015 se ha trabajado sobre la colección, llegando al 71% del total de esta. Durante el 2016 se espera concluir el trabajo y culminar con la digitalización de material escogido para su consulta on line en el portal del patrimonio del Centro de Documentación de la Universidad de Talca.
